土元養殖的室內衛生很重要，清潔衛生的環境病原微生物沒有滋生的場所，可以減少疾病的發生；而污穢的環境再加之室內濕度過大，病原微生物就有滋生的條件，土元容易發生疾病。所以，土元飼養室要每天打掃衛生一次，保持室內清潔衛生，不僅飼養員進飼養室有清新的感覺，而且不給病原微生物有滋生之地。
　　飼養池內也要經常保持清潔，飼養土表面掉的飼料要刮除，否則時間長了會發霉變質，污染池內飼養土，使土元生活環境惡化；飼養池內投放的青綠飼料，到一定時間吃不完時也要及時撿出，不然時間長了，這些菜葉、嫩樹葉和多汁飼料等會腐敗變質，土元吃了這樣的青綠飼料會發生胃腸疾??；腐敗的青飼料會污染飼養池，造成病原微生物滋生，也能導致土元發病。
　　土元養殖除保持飼養室、飼養池清潔衛生以外，飼養用具也要注意保持清潔衛生。
　　飼喂盆每天要清理1次剩食，冬季每周消毒1次，夏季每天清洗1次，每2天用0.2%高錳酸鉀溶液浸泡消毒1次，消滅殘留的病原微生物。
　　土元飼養室要建立嚴密的清潔衛生制度，室內每天要認真清掃1次；剩下的殘食、剩菜葉清除時要先收集到盆內，然后倒在垃圾堆里，不許丟在墻角或走道上；冬天每周要用高錳酸鉀溶液（0.2%)洗食盤1次，用2%火堿地面消毒1次，夏天每2天消毒1次。